捷克共和国地处北温带，位于西欧海洋性气候和东欧平原大陆性气候之间的过渡性气候区域上，既无严寒，又无酷暑，四季变化稳定，冬季温和，夏季雨量充沛。但由于捷克地处欧洲中部，受到来自不同气候区的空气的影响，各种冷、暖气团之间的不断搏斗引起了温暖、冷湿和干燥的不规则变化，因此，很少有连续几个星期的稳定天气。

受地形等因素的影响，捷克各地区的气温不尽相同。最暖和的地区是南摩拉维亚和拉贝河中下游地区，南摩拉维亚的霍多宁和布拉格的年平均气温最高，分别是9.5℃和9.4℃；最寒冷的地区是以下山区：克尔科诺谢山脉、舒马瓦山、耶塞尼基山脉和摩拉维亚西里西亚贝斯基迪山脉，全国最高山峰—斯涅什卡峰的年平均温度最低，为0.2℃。全国绝对最高气温为40.2℃，全国绝对最低气温为-42.2摄氏度。

一年中最冷的月份是一月，月平均气温为-1∽5℃，每间隔三、四年，二月份最冷；最热的是七月，平均气温为15∽19℃，有时八月（三、四年一次）最热。随着海拔高度的升高，一、二月份之间的温差减少。在海拔1500∽2000米的高山上，二月份最冷。

降水量充沛，年均降水量为700毫米左右，但由于受到地形等的影响，降水量分布很不均衡，平原地区降水量最少，为350∽650毫米，山区最多，为1000∽2000毫米。总的降水量经常从西向东递减。降水量最丰富的地区在伊塞拉山脉（年降水量最多时超过1 700毫米）、贝斯基迪山脉中的利萨山（年降水量为1532毫米）、舒马瓦山脉（年降水量为1 500毫米左右）和赫鲁比叶塞尼克山脉（年降水量为1474毫米）。最干旱的地区在日阿特茨卡，年降水量不到450毫米。其他干旱地区是中捷克、摩拉瓦谷地。平原地区的降雪最晚持续到一月底，山区则至二月底。全年的平均湿度为60—80%。

一年中，降水的分布不均衡，夏季的降水量远远超过冬季的，四季降水分配如下：夏季40%，春季25%，秋季20%，冬季15%。六月和七月的降水量最多，二月（山区为三月）的降水量最少。